刽子手拔刀斋重出江湖，但目的却是为了一个正义的理由。一个曾经在幕府末期遭到背叛的剑客志志雄真实决定以最残酷的方式报复这个国家，而绯村剑心的责任则是试图去阻止他，这个故事完结于京都的大火，但一切只是序章。