小姑娘玛丽在印度的一场地震里失去了双亲，随后被送到姨丈克克莱文勋爵位于英国的庄园。庄园中有一座神秘花园，他的姨妈曾从花园的秋千上坠落摔亡，因此克莱文觉得这个花园不吉利，下令永远锁上花园门，还把钥匙藏在姨妈的小柜子里。而且他一直不愿见到儿子，生怕遭遇同样的厄运。后来，玛丽借助一只有灵性的知更鸟找到了花园的门，并使用钥匙打开了它。玛丽在庄园中结识了克莱文的儿子科林，科林因疾病缠身而把自己关在房间里。玛丽经常偷偷去看望科林。在玛丽和迪肯的陪伴下，科林开始坐着轮椅前往秘密花园游玩，在他们的鼓励下，科林也克服了走路的恐惧。克莱文梦到妻子呼唤他回家，于是他回到了家中。他赶忙前往秘密花园，发现孩子们正在玩捉迷藏。克莱文勋爵与儿子重逢，玛丽也成为了这个家庭的一员。