故事大约发生在2010年初秋。下午6时许，东京湾上空突然出现不明生命体，正以时速20公里的速度朝涩谷区上空移动。怪物形似墨鱼，身长272米，很容易让人觉得是来自海里的生命体。防卫厅向受委托的民间特殊部队“Altamira代理部”下达了军事出动命令。 主人公船贝乙夜从正在进行机器人操纵训练的少女中挑选能够执行任务的人选。为了即将到来的战役，少女们一直在暗中接受训练，之后她们将被告知去迎接这场结果未知、迫在眉睫的战斗。 为了打败敌人，即便遥控操纵导致被称为“战斗之英”的小型机器人牺牲也在所不惜。这些少女并非有血有肉的人类，而是作为活炸弹存在的特殊机器人。一场以生命为赌注、对抗未知生命体的战斗即将打响……