未来世界，人类首次和外星生命体伽米拉斯实现沟通，但是对方表现出强烈的敌意，向地球发起猛烈攻击。在第二次火星星际大战后，地球人虽然勉强取得胜利，可是伽米拉斯以冥王星为据点，随时向地球发射流星爆弹。经过长达八年的荼毒，如今地球已经变成荒芜且充满和辐射和毒气的红色死亡星球，人类行将灭亡。在此危亡时刻，名为＂大和计划＂的行动秘密展开。2199年，地球人在位于麦哲伦星云的伊斯坎达尔星人的帮助下，掌握了时间翘曲的先进技术，并将之融入地球最后的希望——宇宙战舰大和号上。 在冲田司令的率领下，古代进、岛大介、森雪等一腔热血的地球战士登上大和号，朝着宇宙的深处挺进……