1937年深秋，为躲避战乱，中国医生成贤（秦汉）携带怀有身孕的日本妻子理惠子（早乙女爱）和孩子从上海逃到南京老家，他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时，成贤认为自己与难民身份不同没做理会，投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴（刘若英）为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒，但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。同年冬天12月13日，南京全面沦陷，日军开始在南京疯狂烧杀淫掠，成贤终于意识到日军的残酷麻木，让妻子先行一步去安全区躲避，自己则糊尝章留下来继续救死扶伤，他不知道的是，安全区早已名存实亡，而要反抗时，他发现已无可能。1937年深秋，南京荒凉的铁道上，成贤带着怀有身孕的妻子理惠子（日本人）回南京的老家。在纷乱的战火中，成贤在南京的老家已成为一堆瓦砾。别人告诉他可以去到外国人保护的安全区，但成贤自认不是难民而不愿去。他找到在下关发电厂做工的幼时朋友根发。根发虽然对他带回来的日本媳妇反感，但还是接纳了他们。1937年12月10日，日军开始围攻南京城，同年12月13日南京城破。疯狂的日兵搜索，烧杀淫掠。理惠带着孩子们进了安全区，难民们得知理惠是日本人，便把所有对日本人的不满发泄在她身上，当成贤来到安全区，理惠悬着的一颗心才放下来，他们不知道另一场浩劫已悄然来临……