某天，柯南因感冒在家休养，这时他接到了灰原哀的电话。原来灰原研制出了APTX - 4869的最新解药，尽管只是试制品，但一心想恢复工藤新一身份的柯南还是迫不及待地前往阿笠博士的实验室。服用解药后，新一终于变回了原来的样子，然而周围的一切似乎都发生了变化：博士院子里的树长高了，出现了许多新建筑，体育老师变得老态龙钟，班里的同学全是陌生面孔，就连元太、光彦和步美也都长成了高中生的模样。 他找到了同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里频繁服用解药，产生了抗药性，最近5年已经无法变回原来的状态了。失落的柯南无奈地看着周围的改变，更让他深受打击的是，小兰决定放弃音信全无的新一，嫁给新出老师。他们的恋情亦真亦幻，究竟何去何从……