《新鬼武者》开启了继织田信长主题三部曲完结后的全新故事篇章。在故事里，曾统帅幻魔大军称霸战国时代的幻魔王织田信长，于本能寺被明智左马介击败。其旧部丰臣秀吉借机崛起，在信长死后完成了天下统一，危害世间的幻魔也随着信长之死销声匿迹。 文禄六年（1596 年）6 月 29 日，天空中突然出现散发着红色光芒的妖星，已位极人臣的丰臣秀吉性格随之大变，各地频繁遭受天灾侵袭，久未现身的幻魔仿佛呼应着世间的纷乱人心，再度出现在世人眼前。庆长三年（1598 年），秀吉突然下令将全国的樱花全部移植到京都，其意图令人捉摸不透。就在此时，一位身着苍蓝色盔甲、手持两把大刀的年轻武者出现在人们的视野中，他转战各地讨伐幻魔，因其作战勇猛，被人们称作“灰烬的苍鬼”。