自风都塔建立30年以来，风都享受了一段较长时间的和平。然而，在这个夏天，这座宁静的城市再度陷入动荡。一群本应已死亡的Dopont突然现身街头，对周围进行疯狂破坏。左翔太郎（桐山涟 饰）和菲利普（菅田将晖 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木之本岭浩 饰）则化身为假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont展开殊死搏斗。在国际特务调查机关成员玛丽亚·S·克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现这些入侵者原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚口中得知，国际重犯大道克己（松冈充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员劫持了编号从A到Z的26个盖亚记忆体，他们还阴谋占领风都。一场激烈的正邪大战即将拉开帷幕……