池田屋事件の後、徳川幕府と会津藩は多額の恩賞を新選組に与え、彼らの行動を称えた。だが、それと同時に局長・近藤勇（小沢仁志）に権力が集中、不満を持った参謀の伊東（松田勝）、山中副長（中野英雄）が動き始め、更に激烈な内部抗争が勃発する。そんな中、坂本竜馬（哀川翔）の暗殺を機に……おおきな時代の波が、新選組を飲み込んで行く……！