故事背景设定在江户时代初期。在深山里忍者村出生的平凡忍者蛋·佐助，因与小藩家老之女·阿市相遇，从而前往京都闯荡。为保护阿市免受阴谋伤害，佐助面前出现了神秘兮兮的可疑商人德三郎，还有宿敌服部伴蔵，而伴蔵竟是服部半藏的孙子。在忘我战斗的过程中，佐助作为忍者、作为男人不断成长。德三郎的真实身份究竟是什么？佐助与伴蔵的对决结果如何？他与阿市那淡淡的恋情又将何去何从？以京都街头为舞台展开的忍者动作戏也是一大看点！