1999年，人类于月球建立了Alpha基地，此基地一方面用于存放从地球运来的核废料，另一方面开展科学研究工作。Alpha基地共有311名正式工作人员。 1999年9月13日，一场灾难突如其来。堆积在月球上的核废料发生爆炸，并引发了一系列连锁反应。在强大冲击力的作用下，月球脱离了地球轨道，被抛向了宇宙深处。《太空传奇1999》的故事便由此拉开了序幕。