23世纪初，两个企图称霸 银河系的星际国家——比姆拉首相领导的Bolar联邦和迪斯拉总统领导的Galman-Gamilus帝国在交战中，一枚 质子导弹误入太阳系。在刮碎了土门龙介父母乘坐的太阳观光船后，导弹射入太阳，导致太阳的核聚变反应加剧，将在1年内发生 超新星爆炸，毁灭银河系。正当地球联邦政府内部争执不休的时候，地球防卫军司令决定派遣大和号寻找“ 第二地球”。大和号在途中搭救了Bolar联邦的一只军舰，由此介入两国之间的战争。大和号在Bolar联邦的港口停泊期间，由于不满该国对沙尔班特（爱好和平的古老国度）信徒的残酷屠杀，拒绝加入Bolar联邦，与该国结怨。Galman加迪尔提督为了给迪斯拉总统的生日“一个惊喜”，先后任用了狡猾的达高将军和弗拉基将军对大和号展开了紧锣密鼓的攻势。大和号不堪次元潜艇的频繁袭击，不幸被俘。当迪斯拉得知自己的“礼物”大和号时，勃然大怒（在前两部《大和号》中，这位总统是地球人的敌人，后来受到古代和森雪爱情的感化而和解）。在对大和号表示歉意后，总统盛情款待了大和号的船员。他向古代舰长介绍了当前的对峙局势，帝国复兴的艰难历程，和自己对已故的Iscandar女王的爱。大和号船员观看了该国的盛大的阅兵式，并目睹了Galman的导弹防御系统阻击Bolar联邦导弹的过程。但是一颗质子导弹还是冲破了防线，大和号紧急起飞，用波动炮击碎了它。古代告诫迪斯拉：“ 你们的防卫并不十分完美，对武力有自信是更加危险的。”总统派遣法拉斯基少校帮助地球解决太阳危机，不幸失败，少校自杀殉职。大和号只得再次启程。临行前，迪斯拉总统提供了一个自然条件和地球完全相同的行星的位置。大和号到达那里，发现人在那里频频出现幻觉。后来证实这星球是一个宇宙生命体，它守护着沙尔班特公主露达。在露达登上大和号后，Galman追兵赶到，要求交出露达，此时Bolar联邦的大部队也来索要这位公主。迪斯拉总统命令Galman舰队护卫大和号。寡不敌众的Galman舰队与Bolar联邦的先头部队同归于尽。露达指引大和号到达沙尔班特本星，给大和号配备了用于控制太阳的“流体宇宙二烯炮”（真不知道为什么取这个怪名字）。此时Bolar联邦的追兵杀来，沙尔班特本星不做任何抵抗和退避。原来这个民族爱好和平到了极致——宁愿被灭族而不愿投入战争。所有武器都被封存在皇家墓室里面。正如剧终露达所说：“ 和平是要下决心绝对不要战斗，而且即使被杀也要维持那种决心——那是与自己的战斗，比与敌人战斗更困难。”