这是日本第一部长篇宽屏动画。故事中，佐助和姐姐两人住在信浓的山里，他的朋友是山里的动物们。小鹿埃莉被大鹰抓走并扔进了山中阴森的湖里。随后追来的母鹿跳进湖里，成了湖中栖息魔物的食物。这魔物原来是巨大的娃娃鱼。佐助叼着刀去追娃娃鱼，却被一击击退。原来这娃娃鱼的真身是名叫夜叉姬的妖术师。佐助下定决心去学习能破解妖术的方法，于是他拜入户隐山的户泽白云斉这位忍术老师门下。经过艰苦修行，佐助终于领悟了忍术的奥义。下山后的佐助，碰巧遇到了追击在附近肆虐山贼的上田城年轻城主真田幸村，并和他一起去讨伐山贼。然而，姐姐阿悠却被山贼抓走当了人质……