在剧中太空站担任指挥官的班杰明·希斯科（Benjamin Sisko）中校（後晋升为上校）由艾佛里·布鲁克斯（Avery Brooks）所饰演，他也是《星际旅行》系列里面第一个担任指挥官角色的非裔美国人。它描述了关于“深太空九号”这个太空站周遭所发生的故事。在首集中，主角们发现了附近一个稳定虫洞（Wormhole）的存在，它能够将人立即传送到遥远的第三象限（Gamma Quadrant）。这马上让这个太空站变成了一个具有重要战术地位的据点，同时也因为可以通往没有探索过的宇宙区域，而使它变成了重要的贸易中心。《深空九号》摆脱了前面几个系列中带有的乌托邦色彩，更着重于战争、宗教、政治妥协以及其他的现代议题。由于它的主题较为黑暗，所以无法吸引原先主题较为光明的《新的一代》的爱好者成为它的固定收视群。它也是第一个在制作时没有吉恩·罗登贝瑞参与的星舰系列电视系列剧。