在新战国时代，忍者们与妖怪展开了激烈战斗。战斗结束后，以猿飞佐助为首的五名忍者，成功地将妖怪总司令及其能源封印在了无敌将军三神将赐予的“封印的门”中。失去能源的妖怪カッパ融入了人类社会，它欺骗了猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，让他们打开了东京湾的封印之门。注视着祖先世代守护的封印之门的少女鹤姫，决定与解除封印的佐助、才藏，以及三好入道清海的子孙清海，还有从美国来的见雷也的子孙见雷也一起，像五百年前的祖先那样进行妖怪封印。他们一边经营着绉纱衬衣铺，一边踏上了持续封印妖怪的旅程。