洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落为争夺天下纷争不断。炎帝部落老首领将首领之位传给了身世不明的炎，老首领之子炽对此心怀不满，于是发动叛乱。炎帝成功平息了这场叛乱，然而炽却下落不明。不久后，炎帝在与黄帝的争斗中落败，随后隐姓埋名远走他乡。多年过去，炎帝化名为神农，以尝百草的方式救助世人。与此同时，炽化身为瘟神，处处与神农作对，他制造出可怕的瘟疫，祸害人间，让神农一时难以破解。 炎帝部落的衰落，使得天下之争聚焦在了黄帝和蚩尤两大部落之间。一次双方激战正酣时，各自部下来报，称部落中爆发了大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收兵，赶回部落救援。 黄帝看到许多子民在瘟疫中患病甚至丧生，忧心不已。在救治病人的人群里，黄帝发现了神农，两位老对手再度相逢。黄帝对神农既怨恨往昔的争斗，又敬重他救民的行为。尽管神农竭尽全力，也只是暂时控制住了瘟疫的蔓延，无法彻底消除。神农心怀世人疾苦，独自向上天祈求，希望能找到清除瘟疫的办法。此时，天宫中玉帝……