2029年3月的一天，某国大使馆被一群经过大规模义体改造的武装分子入侵，许多外国使节及其家属沦为了人质，情况十分危急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力下属，制定了周全的营救计划。然而，当一切都在按计划推进时，意外突然降临。与此同时，在距离大使馆不远处的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，素子之前的上司、陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中身亡。经过细致追查，素子等人发现一种能篡改记忆的病毒正在网络上传播，而且她的身世竟与这一连串事件紧密相关。危机当前，阴谋渐渐浮出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，是《攻壳机动队》诞生25周年的纪念作品。