《暗杀》以1930年代的上海与京城府（ 首尔）为故事背景，韩国笼罩在日本统治的阴影下，与此同时，很多韩国抵抗活动以中国为据点以躲避日本当局。1933年的上海，一个暗杀日本指挥官的秘密命令交由 安沃允（ 全智贤 饰） 执行，她是个已经被判处死刑的一流狙击手。为了这个任务，为临时政府工作的特工 廉硕晋（ 李政宰 饰） 从监狱里解救了安玉允和她的同伴。但与此同时这个重大计划被一个内部间谍和职业杀手泄露给了日本当局，夏威夷·皮斯托（ 河正宇 饰）因此被雇佣去除掉安玉允。而暗杀小组抵达韩国时对职业杀手的追击毫不知情。