酷热的夏日里，大雄一心想找到所向披靡的独角仙，为此痛哭流涕，对哆啦A梦软磨硬泡。无可奈何之下，哆啦A梦和哆啦美拿出时光圈，陪着大雄前往500年前的新西兰寻找独角仙。没想到，他们意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了避免恐鸟再度走向灭亡，他们决定把恐鸟送到奇迹之岛。奇迹之岛是未来科学家开发的岛屿，专门用来收留、保护和研究灭绝动物。传说岛上有一只黄金独角仙，能为当地生物注入生命的力量。历经波折，大雄和小伙伴们抵达了这里，还结识了和大雄长得极为相像的神秘少年史莫以及善良的洛可洛族。与此同时，有个黑心商人正图谋抓住黄金独角仙。