U.C.0106年，联邦政府在终于使地球圈的混乱局面平息下来后，决定再度开始新殖民卫星的建设。但尽管作了如此的姿态，政策上却仍然奉行地球至上主义，因此宇宙住民与地球住民间的裂痕越来越深，这时，由宇宙住民中政坛与商界名门所鼓吹的宇宙贵族主义，开始在殖民卫星中出现。时值0111年底，联邦军决定着手新一代主力MS的开发，根据军方的要求，海军战略研究所开始制订小型化MS的开发计划，并在第二年6月开始进行FORMULA机动战士计划。同时，在战争年代曾遭破坏的SIDE4，以FRONTIER名称开始重建工程。U.C.0123 年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的不明MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人避难。 在避难的人群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布克、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名塞茜莉·费尔齐尔多。罗拿家族是死亡先锋的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙 巴比伦空中花园。塞茜莉的母亲娜迪亚不满家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐尔多的下人私奔，当她发现史奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布克等人来到码头，在其父洛士尼·阿诺的带领下登上小型穿梭机时，塞茜莉在养父史奥的胁迫下，离开西布克和自己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布克一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布克他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了 生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题，这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位驾驶员，故西布克被推上F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家的塞茜莉受到祖父马尔捷的热烈欢迎，并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的塞茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V中最强的“黑之部队”队长）也发现茜茜莉也是NEW TYPE。3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（塞茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。而西布顿也趁机潜入罗拿家的别墅，欲带走塞茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪对方抛下他和丽诗埋头工作。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，塞茜莉的母亲娜迪亚也逼着史奥带她去见自己的女儿，并要塞茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的塞茜莉离去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。