太平洋药物公司派出一船人员前往南海的法罗岛寻找一种汁液可令人松弛的体细胞莓果来源,当地土著警告他们,岛上的神“金刚”就住在重重屏障山脉的后面,不过船员们嗤之以鼻,认为那是种迷信。隔天夜里,有只巨大章鱼袭击村庄,这时神兽出现了!!“金刚”一只大猩猩,拆毁村庄的围篱并把章鱼丢了出去。金刚被储存在村庄内大量的体细胞莓汁吸引而来,它喝掉数大桶果汁后便昏迷不醒了。著眼於金刚可能将是药物公司的超级广告明星,日本人制作了竹筏将这被麻醉的怪兽带回日本。同时,在北极海,联合国潜水艇正在研究者奇怪的现象:一个会发光并且放出辐射而产生热能的冰山。结果潜水艇不小心撞上冰山,就在救援直升机前往救援时,哥斯拉突然从冰山里出现!!不久之后它攻击了北大西洋公约组织在北极海上的基地,哥斯拉无情地将它的目的地朝向日本... …日本政府把运送金刚的船拦截下来,但那时已经太迟,金刚从麻醉中苏醒,奋力挣脱束缚,於是运输船发生爆炸,金刚从中逃脱游向日本,两只怪兽的战事已无法避免。哥斯拉从北海道登陆朝向南方前进,在日光市附近的森林,它与金刚首度相遇。金刚展现它的力气向哥斯拉投掷石块,但哥斯拉的热线威力更猛,金刚战败撤退。一个杀死哥斯拉的陷阱同时进行中,汽油被倒入河面并且点火,虽然哥斯拉没有直接穿越河床,而是沿河边寻找出路,但是只要它沿著河走就会掉入一个装满氰化物的大洞。哥斯拉悻存下来,但高压电塔挡在它的路上,把它的活动范围限制在东京周边。当金刚朝向东京前进时,哥斯拉在富士山附近的乡村破坏。阻挡哥斯拉的电塔却被金刚轻而易举地推倒,当金刚爬上国会大厦俯瞰它的新领土时,体细胞莓汁罐从天降下,并在空中爆炸洒落在金刚周围,金刚又被迷昏。大气球绑附在金刚身上,带著它往富士地区移动,自卫队希望至少其中一只怪兽能被消灭。金刚和哥斯拉再度在富士高原上陷入战斗,哥斯拉将金刚打得不省人事,并放出热线使周围森林著火。但此时有阵电气风暴通过这个地区,被数个闪电打击后,能量穿过金刚身体,金刚吸收了雷电的能量醒了过来。金刚与哥斯拉再次扭打在一起,它们边打边向海港乡村热海前进,它们互相痛打使得热海城完全毁坏,最后两只怪兽滚下山坡落入海中。过了一会儿,只见金刚浮出水面游回法罗岛。注:本片不存在美日两种结局的情况,所谓日版哥斯拉获胜,美版金刚获胜的说法只是传闻。
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