本季开启新篇章，描绘了重返医院的牧野医生和升入初中的学生们的故事。藤野一希在适应中学生活方面困难重重，父亲突然带回新母亲和妹妹，这让他的家庭归属感彻底崩塌。顺利完成心脏病手术的冴岛直明升入新年级，虽立志成为像牧野医生那样的医者，但内心仍有不安。这时，一名因病复发而失去求生意志的少女出现在牧野面前。除了原作剧情，本季还将新增原创角色的故事线。