寛政2年（1790年）、江戸城の一部や市中で付け火による火災が頻発。遁兵衛の住む伊賀組屋敷も火災に遭い、忍び入った忍者に遁兵衛の同僚の左平内（川副博敏）が自害に見せかけて殺害された。忍び七十三流のひとつである白山流の忍者・錣甚五佐（牧田正嗣）の仕業だった。その後も甲州流・戸隠流など、秋草の命を狙う『忍び七十三流の末裔』である各流派の忍者たちが次から次へと現れて秋草に勝負を挑んで来る。これらの忍者たちを裏で操る甲賀の金剛（天津敏）は、七十三流の忍者たちを競わせてその実力を幕府に不満を持つ諸大名に誇示し、それぞれを召し抱えさせて世の中を再び忍者たちが存分に能力を発揮できる戦乱の時代にしようとしていた。秋草と遁兵衛は七十三流の忍者たちと対決するため、中山道から甲州街道へと旅を続ける。終盤では、秋草の命の他に忍者の頂点に立つ金剛の命と地位も狙う幻流忍者・瞳太...