小智在旅行途中结识了少年遥人，遥人身上似乎藏着某个秘密。小智曾和母亲花子约定在隔壁镇碰面，可当他一觉醒来，却发现皮卡丘不见了。正当小智四处寻找皮卡丘时，遥人出现在他面前。 随后，小智跟着遥人一起去追查夺走皮卡丘的可疑人物。随着相处，两人关系逐渐亲密。然而，他们即将面对一个极具冲击性的事实！原来，遥人遇到的那些穿着奇装异服、抓走皮卡丘的可疑人物，正是火箭队。隐隐有种预感，后续似乎还会有其他状况发生……