2032年，作别草雉少佐已有3年。光电、纳米、机械、生物、网络依然迅猛发展，唯有人类的安危更值得关注。离开了素子的公安九课的刑警、主力干将巴特，性格也起了变化，愈发冷漠偏执起来。某日，一个女性球形关节机器人偶突然袭击了自己的主人，在杀害两名警探后，被巴特制服并击毙。殊不知与此案相关更有数起类似球形关节人偶杀人事件发生，皆为洛克斯·索罗斯公司的测试用先期量产型所为。除了一名政客和一名国家安全人员外，被害人没有政治上的共同点，作案手法也都是将被害人杀害后将自身电脑毁灭初始化。而更为奇怪的是受害者家属全部同公司答成协议撤销起诉。为此，九课派出巴特和搭档特古沙展开调查。从工程师哈拉维口中，两人得知该型号人偶被用于性爱用途，受害者家属因家丑纷纷撤诉，这使得案情更加扑朔迷离。与此同时，索罗斯公司质检部长杰克·沃尔逊被残忍杀害，据查凶手为红尘会指使。在血洗了红尘会后两人发现，帮会的现任头目是为替前任复仇而派出杀手，而前任正是死在索罗斯公司的球形关节人偶手中。由于擅用职权，两人遭到了上级的训斥。回家路上，巴特惯例去超市购买狗粮，却遭暗算被人黑入电子脑，自残手臂后更是险些酿出人命，幸得同事中川及时出手相助。为了尽快调查清楚，巴特和特古沙直接飞往北部索罗斯公司进行采证。二人来到令巴特出丑的黑客基姆的宅邸，却为幻象迷惑。特古沙的电子脑更是被黑进入死循环，幸得草雉素子以守护天使身份潜入给予提示，二人才得以退出，将基姆逮捕，并将计就计追查下去。在特古沙的协助下，巴特利用基姆脑中的数据，成功突入洛克斯·索罗斯公司的巨型船舶，而此时此刻，船上的人偶也因程序原因启动自觉意识，开始发起进攻。千钧一发之时，一个球形关节人偶突然出现协助巴特成功突围，原来草雉素子利用卫星网络将作战义体加载至其中一个人偶中。两个最佳拍档的协力，将船上的系统彻底击破。在船上一间舱体内，一切秘密大白于天下：原来洛克斯·索罗斯公司所开发的Ghost Dubbing系统虽然通过动物实验证明可以大量劣化刻录Ghost进人偶，但由于会对宿主大脑产生损害而被禁，公司遂通过红尘会拐来孩子，利用系统将他们洗脑，刻录入他们的灵魂进入人偶。在成功解救出杰克·沃尔逊的女儿后，素子完成了任务，重又回到广阔的网路世界去了。留下的巴特并不会觉得孤独，因为他记得少佐留给他最后的话，“只要在网路里，我永远和你在一起。”