《超能联盟》的故事围绕着一个神秘组织展开。该组织聘请了在学术界处于顶尖地位的教授，让其研发出一种能赋予人各种超能力的原液，并利用这种原液培养了一批专门为组织干坏事的特工。教授为了实现自己的梦想，打算将这些超能力赋予自己的妻子，于是背叛了组织。组织派出杀手来处理此事，过程中意外引发爆炸，致使原液泄露，从而诞生了许多拥有有缺陷超能力的超能力者。这些超能力者凭借各自不同的超能力，与反面人物展开了一系列既充满正义又充满危险的斗争。