在一个难以分辨昼夜的晚上，亚特兰蒂斯沉入了深海。这是公元前360年，希腊著名哲学家柏拉图曾两次在他的著作《对话录》中提及的关于亚特兰蒂斯帝国的内容。时光来到1914年，在华盛顿的市立博物馆里，年轻绘图师迈罗·詹姆斯·戴奇一直对有关亚特兰蒂斯的传说深信不疑。有一天，迈罗偶然得到一本古老的航海日志，里面的记载为确定亚特兰蒂斯帝国的最新位置提供了珍贵线索，于是他决定继承祖父撒迪厄斯·撒奇——一位有名冒险家未竟的事业，去寻找传说中神秘的亚特兰蒂斯帝国。 迈罗这个看似荒诞的决定未能得到博物馆的资金支持，正当他举步维艰时，一位身份不明的百万富翁出现，给迈罗的冒险之旅带来了转机。这位百万富翁叫普雷斯顿·B·维特莫尔，他主动找到迈罗，表示愿意无条件提供一艘性能极佳的潜艇，此外，艇长莱尔·提比略·罗基以及几位训练有素的船员也将和他一同踏上此次航程。在普雷斯顿的支持下，一切很快准备就绪，迈罗跟随这支人员和设备都堪称顶尖的探险队开启了神奇的海底之旅，目标是消失的亚特兰蒂斯大陆。 让迈罗等人万万没想到的是，亚特兰蒂斯人竟然还生活在海底世界。在亚特兰蒂斯国度里，迈罗和探险队见到了两万岁高龄的亚特兰蒂斯国王以及8500岁的姬妲公主，他们都对亚特兰蒂斯文明的未来感到担忧，公主希望探险队能帮助她的王国重新获得动力。然而，除了迈罗之外，整支探险队队员都心怀不轨，他们不关心亚特兰蒂斯文明的存亡，金钱和财富才是他们此行的目的。 艇长罗基偷走了关系着亚特兰蒂斯生死存亡的水晶球，还计划绑架姬妲公主。而姬妲公主是亚特兰蒂斯城生命的源头，她的安危直接关系到整个帝国的命运。迈罗必须在整个亚特兰蒂斯毁灭之前阻止罗基的疯狂行为。最终，迈罗在亚特兰蒂斯人民的帮助下，凭借自己的机智和勇敢，历经重重艰辛，成功阻止了艇长罗基等人的阴谋，保护了亚特兰蒂斯文明。