第一部：以现实与虚拟为中心思想，讲述主角尼欧如何在虚拟程序the matrix中觉醒并愿意接受现实，相信自己是救世主。

第二部：围绕人是有情感有爱的主题，讲述人类对抗机器程序大战的前兆，救世主对抗程序。

第三部：其实从某种意义上说，第二部和第三部是一部，就像复联3-4一样，人机大战，救世主杀病毒。把前面两部的坑全部填满，但结局节奏快，病毒消灭，电影就结束了。